9价HPV疫苗和2价HPV疫苗的区别在于能够预防多少株高危型感染。

目前已知的HPV有150多型，其中51个型和3个亚型会导致生殖器感染。其他70多型会感染其他部位，导致扁平疣和寻常疣等疾病。从宫颈癌的角度，这70多型不必担忧。在能导致生殖器感染的50多型HPV株中，能导致宫颈癌的被称为高危株，目前发现有15型，另外还有3型可疑，能导致尖锐湿疣等疾病的被称为低危株，目前发现有12型。在人群感染中，高危株和低危株的感染情况是一样的。

2价HPV疫苗和4价HPV疫苗应该算第一代HPV疫苗，因为它们都只能预防16、18两个高危型，这两株所引起的宫颈癌占70%，可以说是主要的致癌株，16型还会导致口咽癌。

此外，能够致癌的高危型HPV还有31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68型。

第一代HPV疫苗上市之后，在一些国家的临床试验结果，发现其有效性并不十分理想，于是在其他国家和地区尤其是亚洲地区引起一些疑问，就是各地流行的HPV高危型是否一致。香港的一项研究发现亚洲宫颈癌患者HPV52型感染占多数，还有的研究发现HPV31和HPV58感染在世界各地