女性卵巢囊肿分两大类，具体引起的原因如下：
1、生理性囊肿：生理性囊肿如子宫内膜异位囊肿，因为内部液体像巧克力颜色所以又称为巧克力囊肿，通常叫非赘生性囊肿。黄体囊肿也属于生理性囊肿，其会随着卵泡发育成熟，然后排卵形成黄体囊肿，几个月以后这种囊肿就会消失；
2、病理性囊肿：病理性囊肿瘤又分良性囊肿、恶性囊肿。良性肿瘤还需要具体问题具体分析，才能判断治疗情况，但是肿瘤的具体原因，目前尚不清楚。良性肿瘤要明确一点，即恶变率非常高，其和子宫肌瘤不同，恶变率大约是35%，所以临床医生都非常重视良性肿瘤处理。
总之，诊断卵巢囊肿一定要分清楚是病理性的还是生理性的。