支原体和衣原体引起的相关疾病，相关的难点并不是治疗，而是诊断，很多时候可能想不到这一方面。如果支原体和衣原体引起了明显的肺炎，还需要一起使用一些化痰、止咳或者是平喘药物。支原体和衣原体的感染可以引起很多种，只要是明确了，那么就可以应用一些抗生素进行治疗。像大环内酯类的阿奇霉素、红霉素就经常应用，这一类的其他类别抗生素，比如交沙霉素、克拉霉素也可以进行选择，一般都能够起到比较好的效果。对于其他的抗生素，还可以选择四环素、多西环素或者是氟喹诺酮类的左氧氟沙星等药物，一般都是能够起到效果的。如果相应的病原体对某一种使用的抗生素耐药，那么在明确的情况下，还可以换用其他的抗生素进行治疗。