我们正常人的肠道粘膜屏障是完整的，进入肠腔内的中性粒细胞及其他炎性细胞有限，但在炎症性肠病患者中，由于肠道粘膜屏障受损，脱落进入肠腔的炎性细胞明显增多，粪便中的钙卫蛋白含量明显高于正常人群。
另外，临床常见的肠道功能性疾病，如肠易激综合征（IBS），肠道粘膜一般无炎性反应，所以粪便钙卫蛋白水平低。肠道其他炎症性病变，如感染性肠炎、十二指肠炎、过敏性肠炎、结直肠肿瘤、息肉、憩室炎、食物不耐受或非甾体抗炎药的使用，甚至接受盆腔放疗，粪便钙卫蛋白表达水平可升高，但低于炎症性肠病。因此粪便钙卫蛋白可作为IBD与IBS及肠道其他感染性炎症鉴别的指标之一。
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