手术切除扁桃体需要慎重考虑，一般只在频繁发作的扁桃体炎，或者扁桃体病变全面影响儿童健康或使儿童中断学业，以及影响听力或呼吸时才考虑手术治疗。有时施行扁桃体切除术是不必要的，如果诊断有怀疑就要考虑是不是其他问题。
扁桃体切除术适应征包括：扁桃体炎一年发作四次或四次以上；扁桃体炎两年内每年发作三次或三次以上；扁桃体肿大引起的上呼吸道阻塞，造成严重打鼾，吞咽不畅，发音不清等；有过一次或一次以上扁桃体脓肿；扁桃体引起了全身疾病，成为病灶性扁桃体；扁桃体反复发炎引起鼻炎、中耳炎、气管炎等反复发作或久治不愈。