自然流产的原因比较复杂，包括遗传因素、内分泌异常、生殖道解剖异常、生殖道感染、血栓前状态、免疫异常。如下：（1）遗传因素包括胚胎染色体数目、结构异常，夫妻双方或一方染色体异常。其中，50%-60%首次流产史染色体异常导致。（2）内分泌异常包括黄体功能异常、多囊卵巢综合症、高泌乳素血症、甲状腺功能紊乱、糖尿病等。（3）生殖道解剖异常包括先天性发育异常如子宫纵膈、宫颈机能不全等，和后天性子宫疾病如宫腔粘连、子宫肌瘤等。（4）生殖道感染包括支原体、衣原体感染等。（5）血栓前状态：血液高凝状态可能导致子宫胎盘部位血流状态改变，局部组织易形成微血栓, 形成胎盘纤维沉着、胎盘梗死灶, 从而引起胚胎缺血缺氧, 最终导致胚胎发育不良或流产。（6）免疫异常包括抗磷脂抗体阳性、封闭抗体阴性、抗核抗体阳性等。