百日咳是由百日咳菌附着于呼吸道上皮细胞后释放毒素，引起发炎反应，导致呼吸道分泌物的增加而产生的咳嗽现象。它主要由人的飞沬散播而传染他人。宝宝患了百日咳后的表现可分为3个时期，分别是黏膜期、阵发期和恢复期。
黏膜期一般持续1-2周，此时期有打喷嚏、微烧、轻微咳嗽等症状，类似一般感冒的症状，但却是传染力最强的阶段。接着进入阵发期，此时期一般可持续1~2个月，典型的表现是阵发性的剧咳，咳到面红耳赤，有时会有明显的吸气哮声，严重时甚至结膜会因咳得太厉害而出血，也常因咳太久而头痛、脖子酸、呕吐、呼吸不顺畅，通常晩上会咳得较严重，也常影响睡眠。