作为胃肠道疾病人群中筛查炎症性肠病和癌症的患者的重要指标；钙卫蛋白浓度的正常化是炎性肠病完全痊愈的一项重要指标。

评估和监测炎症性肠病的活动性，比血清学指标ESR和CRP更敏感和特异；作为标志物，预测溃疡性结肠炎(UC)与克罗恩病(CD)次年复发的敏感性分别为89%和87%；特异性分别为 82%和43%。
作为一个非危险性和非侵害性的肠炎诊断方法，钙卫蛋白在区别小儿功能性腹痛与炎性肠病（IBD）、鉴定和评估小儿炎性肠病的治疗措施中尤其突显了其临床应用价值。

方便无创的检查方法,可以弥补内镜检查痛苦大、价格高、不宜反复检查的不足。现各电商平台可买到AVE爱威钙卫蛋白检测试剂盒（胶体金免疫层析法）居家自测，辅助判断治疗效果和肠炎复发活动性，可帮助患者减少内镜检查次数，尤其适合孕妇和儿童等特殊人群。