小孩发生肠套叠的时候，因为肠子不通畅，被堵住了，所以小孩会出现阵发性的哭闹。因为肠子本身是运动的，有阶段性的蠕动，我们叫肠蠕动，可以把我们吃进去的食物一节一节地往下排，一直排到大肠，再通过大便排出。小孩发生肠套叠的时候，本来食物是一节一节地运动的，在发生套叠的部分就会受到阻塞，每当蠕动波到达套叠部位的时候，小孩腹部疼痛，就会表现为哭闹，而且是阵发性的哭闹，一般间隔5-10分钟发作。
另外，因为肠子堵住了，小孩还会表现为呕吐，不吃东西。有的时候小孩想吃，但是吃了以后又会呕吐，伴随阵发性哭闹。这时家长摸小孩的肚子，如果摸到套叠的部分（一般是在左中下腹，家长不一定能摸到包块），小孩会哭闹。
小孩发生肠套叠以后，随着时间的延长，近端和远端小肠都会发生水肿，水肿以后，黏膜会渗血，这些红色的血液和肠道里面的黏液混合在一起，就像红色的果冻一样，时间长了以后，就会排出果酱样的红色大便。
小孩肠套叠，早期主要表现为阵发性的哭闹和呕吐。小孩早期哭闹的时候，可能排出的并不是果酱样的大便，而是正常的大便，这是因为大肠内还有残留的大便，而排出果酱样的大便，已经是比较严重的一个情况。