在孕早期孕酮低，具体该怎样处理要根据患者的具体情况而定。如果患者的孕酮低是个体差异性导致的，也就是患者的孕酮虽然低，但是HCG水平正常，翻倍良好，通过彩超观察患者的胚胎发育良好，患者也没有腹痛、流血等先兆流产情况时，要考虑是因为个体差异性而导致的孕酮水平低。这种情况下，患者的胚胎发育不受到影响，可以不进行任何处理，继续观察胚胎的发育情况就可以。如果患者孕早期，孕酮水平低，是因为黄体功能不全或者胚胎发育异常导致的。这种情况下，患者多伴有腹痛、阴道流血的情况，或者患者既往有习惯性流产或者胚胎停止发育的病史。这种情况下就必须要补充孕酮，可以通过口服黄体酮、地屈孕酮或肌注黄体酮，同时配合补肾的中药来进行保胎治疗。