瓜子仁中的大部分是脂肪，但是瓜子中的脂肪以油酸和亚油酸为主，饱和脂肪较少，仅占了14%，基本上无胆固醇。而适量进食油酸和亚油酸都有降低总胆固醇和“坏胆固醇”的作用，对身体有益。瓜子含有蛋白质和维生素E、叶酸、镁、钾、铜、维生素B1、B2和膳食纤维等许多重要的营养成分。这些营养成分也是瓜子以及所有坚果类食物的价值所在。瓜子有结实的外壳保护，加工的时候也不需要人为地开辟一个裂口，所以相对于其他裸露的坚果来说，瓜子中的脂肪、维生素E等不容易被氧化，较完整的保存了瓜子仁的成分。